本校於1986由澳門弱智人士服務協會創立，當時於醫院任職治療師的幾位創會理事有感於接受服務的家長的徬徨無助，於是建立了全澳第一個早療服務機構—啟智中心，專為初生至六歲有特殊需要的幼兒提供早期教育及訓練服務。

啟智中心的服務日益受到重視，亦得到社會及政府的肯定，在1993年獲當時的社會工作司借出東華新村的校舍以擴充服務，其後更於1996在逸麗花園設立啟健中心以回應服務的需求。

隨著服務不斷發展，啟智中心及啟健中心的校舍均不敷應用，同時希望服務能更為集中，於是向澳門特區政府申請新校舍，後獲社會工作局及澳門母親會借出，位於松山晨運斜坡現址作為新校舍，並在2007年1月遷入，同時啟智中心及啟健中心合併為啟智中心。

搬遷新址後，新校舍除了常規課室外，更設有物理治療室、感覺統合室、多感官室等多個具功能性的治療室，配合特教老師、物理治療師、職業治療師、言語治療師等專業團隊的工作，讓服務內容及素質大大提升。

在2012年，為配合政府的資助政策，啟智中心分拆為早期幼兒部及幼稚園部。早期幼兒部服務對象為3歲以下有特殊需要之幼兒，主要由社會工作局資助及監管，幼稚園部則為3~6歲有特殊教育需要的幼兒提供教育及訓練，為教育暨青年局(現名：教育及青年發展局)註冊之正規學校，受其資助及監管。

而為了讓服務有更清晰的定位，啟智中心-幼稚園部於2015年9月1日起正式改名為啟智學校，並且為了满足學額的需求，我們進行了校舍擴建工程，增加2個課室和1個個別室。隨著擴建工程的完成，學校由初遷入時全日班共8班，增加至12班，全日班學生人數亦由64人增加至133人。